Il Museo del Santuario è costituito dal complesso del Santuario stesso e dalle diverse opere donate o realizzate per ex voto o per devozione alla Madonna dei Miracoli.
Il Santuario è il cuore del complesso museale e consente una rapida scorsa di oltre 500 anni di storia della chiesa stessa attraverso le numerose cappelle finemente decorate del piano inferiore e del piano superiore ove si trova l’oratorio con l’affresco miracoloso della Madonna di Corbetta, apparsa il 17 aprile 1555.
Dal Santuario superiore, attraverso una scala esterna, si accede al Primo Chiostro per poi passare al Chiostro del Pozzo ove si può ammirare il complesso costruito negli anni ’30 e perfettamente integrato con la struttura del Santuario, con una rizzata d’epoca ed un antico pozzo che dà il nome allo stesso chiostro.
Qui si trova, su una parete, l’elenco dei rettori che si sono susseguiti nel Santuario e alcune immagini fotografiche.
Dal Chiostro del Pozzo si accede alla Cappella delle Benedizioni ove è possibile ammirare la forte devozione tributata negli anni al Santuario da parte di migliaia di fedeli: qui si trovano numerosi ex-voto, quadri, preghiere di ringraziamento e di suffragio; impressionante è inoltre il numero delle fotografie dei militari delle due guerre mondiali.
Al piano superiore si trova il complesso museale delle Camere di San Carlo, ove sono conservati gli arredi originali utilizzati dallo stesso San Carlo Borromeo durante le sue molteplici visite a Corbetta sul finire del ‘500, tra i quali si nota uno splendido letto a baldacchino. La stanza era originariamente conservata presso la villa Frisiani Mereghetti Maggi ove il Santo fu ospite durante la sua permanenza a Corbetta.
Qui si trova inoltre una preziosa opera del pittore Giulio Cesare Procaccini unitamente ad altre opere di artisti, tra cui un ritratto di San Carlo Borromeo in paramenti sacri dipinto dal pittore Lattuada ed altri ritratti di benefattori.
Negli ambienti del museo sono inoltre conservati una serie di preziosi ed elaborati abiti liturgici utilizzati dall’allora arcivescovo Giovanni Battista Montini (futuro Beato Paolo VI) per l’Incoronazione della Madonna di Corbetta come patrona di zona il 17 aprile 1955, oltre ad una veste pontificia da lui donata al Santuario come ricordo.
Imponenti quadri ex voto, paliotti d’altare e sacre reliquie fanno da contorno all’esposizione, raccontando oltre mezzo millennio di storia e devozione di questo luogo mariano.
Altre opere conservate all’interno del Santuario sono la Via Crucis del 1952, ad opera di Mario Fumagalli sotto l’assistenza dello scultore Giannino Castiglioni, e le statue del presepio, che probabilmente risalgono al 1600, mentre sicuramente anteriore è il Crocifisso in legno, venerato nella propria cappella, il cui primo restauro è datato 1611.